Sinh ra ở Durban, Tshabalala-Msimang tốt nghiệp Đại học Fort Hare năm 1961. Là một trong số những cán bộ trẻ của Đại hội Dân tộc Phi được gửi ra nước ngoài để giáo dục, bà được đào tạo y khoa tại Học viện Y khoa Leningrad đầu tiên ở Liên Xô từ năm 1962 đến 1969. Sau đó, bà được đào tạo như một nhà đăng ký về sản phụ khoa ở Tanzania, hoàn thành ở đó vào năm 1972. Năm 1980, bà nhận bằng thạc sĩ về sức khỏe cộng đồng từ Đại học Antwerp ở Bỉ.

Manto Tshabalala-Msimang là một quan chức trong ban lãnh đạo ANC bị lưu đày ở Tanzania và Zambia trong thập kỷ sau của apartheid, với trách nhiệm công việc tập trung vào sức khỏe và phúc lợi của các chiến binh ANC ở đó.